以圣师元阳、西门博、天仙、青姨、南宫轻侯等人为元老，以世道君、红莲佛尊为国师，共同组成元老院，可谏议圣皇，有议政之权。
天朝设天策殿，辅助圣皇，总理天朝诸事。天策殿由四执殿掌管。四执殿分别为军师、太师、太辅、太宰，军师为首执殿，掌军师令符。以天启贤者为天朝军师，第七剑君为太师，指神辅为太辅。由于太宰暂时未有合适人选，便由天启贤者兼任。
天策殿总理军政大事，有议政、行政权力，决策权力受限，重大事务须取决于圣皇。圣皇缺位时，天策殿若得圣殿诸圣后、圣妃圣殿令印授权，可行使圣皇大部分权利。
天策殿下辖三辅殿，分别为太宰殿、太师殿与太辅殿。太宰殿负责天朝监察、刑制，以太宰为首长，下辖圣源卿和长老院。圣源卿也即藏御宫蝶仙、棠棣宫始、续、终、余、幻流宫妖瞳、律音宫八音琴魔、羿云宫神箭翊等五宫护法和智祭祀、愚祭祀、痴祭祀、罔祭祀等四祭祀，地位崇高，可参议军政诸事。圣源卿亦为圣皇护卫。长老院以天心为首。
太师殿负责天朝军事，以太师为首长。太师以下为左右二师，左师为天刑无畏，统帅天地二府众武卫，护卫圣城。右师为原外殿掌令帝穆尊。破灭神宫四殿玄天殿、浩天殿、梵天殿、幻天殿扩成为四城，与以万毒门人为主的万毒城、铸剑城、玄丹山庄并为天朝七城，环绕圣城而建。七城虽以城主为尊，但事权三分，军事、政事、监察分别承命于太师殿、太辅殿和太宰殿。右师节制此七城军事。
太辅殿以太辅指神辅为首长，下设工司、户司、礼司、士司、法司等五部司，负责天朝政事。太辅之下有少辅两人辅佐，分别由首阳仙和与明轩自修真界而来的上官宏担任。
定龙印玺为天朝皇权象征，由圣皇亲自掌管，以奉剑为神威营最高统帅。神威营是天朝选拔修为绝高者所组成，有护卫破灭神宫之责。以半月人、铁木等为神威营战将。破灭神宫设内府，下辖七司、三院，负责破灭神宫内务等，由万毒妖姬任总管。以青衣、红衣为传令使。因奉剑、万毒妖姬、青红二童随身侍奉圣皇，又称为四常侍。
天策殿设在破灭神宫之外，总理天朝军政诸事，与神威营、内府、四常侍等互为监督，但互不干涉份内事务。天朝各机构、人员权责行止，天朝都有明确规定，已由圣皇版令实施。
天朝建设既成，各方也已安顿入住，天朝气象尽显无遗，四方豪杰，纷纷来投奔者甚多。反而各宗门，虽公推明轩为天朝圣皇，却也没有完全投入天朝之意，除了幻剑门等少数宗派之外，并不搬入不周山之内。明轩也并不介意。
转眼之间，登基大典之日已经来临。四方前来圣城观礼的人多不胜数，天朝上下自然忙碌异常。因人数过多，能进入破灭神宫之内观礼的只不过有百分之一人众。余者只好远居高空，俯瞰圣皇登基的盛况，同样感受到无以伦比的喜庆。
辰时，日光下熠熠生辉的神宫破灭神宫之内传来庄严钟鼓之声，三响过后，只听军师天启贤者说道：“圣皇帝登基大典开始！”清朗声音之满含喜悦，瞬即传遍圣城内外。熙攘的人群瞬时静了下来，人人屏息凝神。
只听仙乐阵阵，头顶龙玉冠，身着一身大红长袍的圣皇帝明轩现身出来，无以伦比的王者风范令无数豪杰心折，绝世无匹的俊美丰姿亦令无数少女晕眩。
明轩在青红二童的随侍下缓缓而行，步向皇座。随后缓缓转过身来，肃然面对早已分列站好的天朝众臣。众人以官阶高低分站两列，为首者是圣后秋雅筠，其后为圣妃端木欣儿和西门仙音、太师第七剑君、太辅指神辅、战神、圣源卿、长老院主、左师天刑无畏、右师帝穆尊、二少辅、内府总管、诸城主及以下武，足有百余人开外。因明轩不许跪拜之礼，众人只微微躬身而立。
眼见明轩站定，皇座之侧的天启贤者微微轻咳一声，明轩便缓缓落座。天启贤者缓缓展开捧在手的神宫诏书。万籁俱寂之下，诏书开启的声音竟颇有些有些惊心动魄。
天启贤者缓缓扫了前方一眼，朗声道：“神域天兆，得降破灭神宫，此天意也；四方豪士，奏表为请，此民心也。我再三思之，以为违众不顺，逆天不祥，故今正式昭告天下，于不周山建立始神天朝，南面称朕，号曰圣皇。朕即帝位，自当效天刑先贤，夙夜孜孜，寤寐不遑，为久远之基业计。共四海之利为利，以天下之心为心，柔远能迩、休养苍生。布告天下，咸使闻之。天朝元年十一月一日。”
声音落下，众人躬身山呼万岁。明轩心头大喜，朗声道：“众人平身！”随后天启贤者率众人捧上龙印玺。明轩推辞道：“本座才德具无，怎敢领受？”天启贤者道：“圣皇神威盖世，功德昭于天下，众人钦服，陛下复何让焉！”明轩这才受了，置于座上。众人复又山呼万岁。
明轩称帝，天下钦服，除了氤氲山帝君没有派员前来观礼之外，一切均甚顺利。
典礼之后，圣皇明轩大宴众人。这一番庆贺，足足到了黄昏才得结束，说不尽的万众欢腾。眼看天色将晚，界天狱之主天刑无极、佛界红莲佛尊、世道君、无绝天尊等前来观礼众人纷纷告辞而回，众人也缓缓散去。
自此始神天朝正式立于天下。
天朝成立之后，破灭神宫独为圣皇居所。臣属除了内府、四常侍、神威营众武卫以及圣源卿负有侍奉、护卫圣皇职责而仍旧居于破灭神宫之内外，军师天启贤者等人均都在破灭神宫之外另造府邸居住、公干。眼看天色已晚，也各自拜别归去。
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