离开北京城七天后，朱云一行便不再隐藏行踪，打出天子的旗帜。并向天下传召，天子移都南京。
一时间，所到之处，各地的官府士绅，豪强等纷纷进贡、护驾。
更有全家全族，随着朱云的御驾向南方迁徙。
不到半个月的时间，士绅豪强，世家大族和百姓等。拖儿带女，大车小车竟然多达十几万人。
朱云为此早有准备，命李明睿负责民众南迁之事。又下一旨意给北方各地民众，许他们向南方迁移，但必须到官府登记造册，由官府统一安排南迁事宜。此事也交给了李明睿负责。
就因这一道圣旨，开启了明朝年间最大的移民南迁。从崇祯十七年开始，共约三百万人随明帝南下，此次南迁，被后世称之为‘迁都南渡’。
随着护驾部队的增加，护卫朱云的兵马也从最开始的三千铁骑营，到出山东时的将近三万人。
大多都是各地的卫所军和少量的营哨军所组成。
大明原先的军制是卫所制。一方面是卫所为明军的基本编制，另一方面却是卫所逐步由战时军事建制向驻防屯种乃至预备兵编制转化。
卫所的职能也以驻防为主。为解决军粮问题，且耕且守，卫所军士世居一地。这样，“东自辽左，北抵宜、大，西至甘肃，南尽滇蜀，极于交趾，中原则大河南北在在兴屯矣。”
军粮问题部分解决了，但卫所却也以屯种为业，其机动性和战斗力自然下降。
因为卫所兵的战力下降，所以才导致了明朝中期的倭寇之乱。区区几百人，几千人的倭寇，就能在大明腹地横行。
所以明朝才会调广西狼兵，和允许戚继光等自己招募兵勇。
为了解决这个问题，就诞生了营哨制。
明朝后期，卫所军和营哨军的分工也开始划分，卫所军主要负责驻守，治安，训练新兵和屯田。而营哨军则主要负责机动作战。
因此，卫所军成了正兵，而营哨则是机动的奇兵。到了万历时代，为了契合这种分工，卫所军若想参战，则必须编入营哨建制，同时，卫所的军官只负责士兵训练和日常管理，不负责指挥作战，而营哨军官除了要负责士兵的训练，还要负责指挥。
编入营哨的卫所军官的编制也要遵守营哨的编制，因此明朝中后期的主要作战部队都是营哨军。
以戚继光的蓟镇陆军编制，十二人为一队，三队为旗，三旗为局，四局为司，二司为部，三部为营，人数也在三千人左右。
这就是明朝中后期的主要军队编制形式，铁骑营也是这样的配置。
此时的营哨军大多都消耗完了，所以现在的护驾兵马都以卫所军为主。
其实这几年，崇祯早就开始从各地卫所调兵了，所以仅剩的卫所兵也大多都是老弱了。
矮子里拔高个，朱云在赶路途中，利用闲暇休息之时。
亲自从中挑选了六千还算精壮的军士出来，组成赤衣军，与铁骑营一起充当自己的亲卫军。
这支军队朱云是打算亲自训练统领的。他又从前来护驾的将领当中，又提拔了两名武艺不错的千户任副将。
本来自己能被皇上亲自选中，充当亲卫，就已经让这些兵士激动兴奋了。
朱云又时常对他们进行思想教育和激励，本来战力精神面貌都平平的卫所兵士，摇身一变，颇有些精锐的意思了。